Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) didirikan pada bulan Juli tahun 2009, fakultas ini langsung membuka tiga (3) program studi: ilmu politik, hubungan internasional dan sosiologi. Langkah cepat ini sebenarnya didukung oleh persiapan yang cukup panjang sejak tahun 2000. Semua program studi tersebut tidaklah baru sama sekali, tetapi merupakan kelanjutan dari program studi yang telah ada sebelumnya. Program studi Sosiologi merupakan perluasan dari program studi Sosiologi Agama (SA) dan program studi Ilmu Politik adalah pengembangan dari program studi Pemikiran Politik Islam (PPI). Baik SA maupun PPI telah dibangun oleh Fakultas Ushuluddin dan Filsafat (FUF) sejak awal 2000. Sementara itu, program studi Hubungan Internasional (HI) juga sudah berkembang beberapa tahun sebelumnya di bawah naungan Fakultas Ekomoni dan Ilmu Sosial (FEIS). Oleh karena itu, berdirinya FISIP UIN Jakarta tahun 2009 lebih merupakan upaya pemantapan dan reorganisasi kajian-kajian ilmu sosial di lingkungan UIN Jakarta.

Pesatnya kajian ilmu-ilmu sosial di lingkungan UIN Jakarta didorong oleh pertumbuhan minat keilmuan civitas academinya yang tidak lagi terbatas pada aspek normatif dan doktriner agama. Ketika UIN Jakarta masih berupa Institut Agama Islam Negeri (IAIN), hanya dua aspek inilah yang menjadi kajian utamanya. Pembatasan ini sudah lama dianggap tidak memadai, dan karenanya perlu memasukkan ilmu-ilmu yang bersifat empiris dan objektif. Wujud dari perubahan orientasi keilmuan ini adalah pembentukan serangkaian fakultas umum yang berlangsung sejak satu dasawarsa terakhir. Di antaranya adalah Fakultas Psikologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial, dan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. FISIP merupakan bagian dari transformasi besar UIN Jakarta yang terus berkembang pesat hingga saat ini.

Di samping alasan keilmuan, pembentukan FISIP juga untuk menjawab tuntutan dinamika masyarakat ke depan. Perubahan sosial yang berjalan cepat sangat memerlukan ilmuwan sosial yang mumpuni agar dapat menganalisis berbagai persoalan sosial-politik dengan baik. Untuk itu UIN Jakarta harus turut aktif mengidentifikasi persoalan-persoalan tersebut dan menyediakan jawaban yang dibutuhkan. Dengan bekal pengetahun peradaban Islam yang mendalam, FISIP UIN Jakarta akan memadukan warisan keilmuan Barat dan Islam dalam mengembangkan ilmu-ilmu sosial. Fakultas ini akan melibatkan ilmuwan dari fakultas agama untuk mengajarkan aspek normatif Islam, dan ilmuwan dari fakultas lain untuk memperkaya pengetahuan tentang peradaban Islam. Melalui pengayaan proses belajar-mengajar ini, FISIP UIN Jakarta bermaksud menjadikan lulusannya sarjana ilmu sosial yang memiliki horizon pengetahuan luas.